С целью реализации положений статьи 36 Конвенции ООН против коррупции, а также с учетом того, что проявления коррупции могут наблюдаться в различных сферах жизнедеятельности поднадзорных органов военного управления в ноябре 2007 г. в Главной военной прокуратуре создано специализированное подразделение по надзору за исполнением законодательства о противодействии коррупции - отдел надзора (за исполнением законодательства о противодействии коррупции) Главной военной прокуратуры. Аналогичные подразделения созданы в военных прокуратурах округов (флотов).
В соответствии с приказом Генеральной прокуратуры Российской Федерации от 07.05.2008 № 84 «О разграничении компетенции прокуроров территориальных, военных и других специализированных прокуратур» к компетенции отдела надзора Главной военной прокуратуры и структурных подразделений на местах отнесены вопросы надзора за исполнением законодательства о противодействии коррупции органами военного управления и должностными лицами воинских частей, учреждений и организаций федеральных органов исполнительной власти, в которых законом предусмотрена военная служба, а также иными ведомствами и организациями в соответствии с возложенными полномочиями.
Подразделения по надзору за исполнением законодательства о противодействии коррупции в аппаратах военных прокуратур округов (флотов) в оперативном отношении находятся в подчинении соответствующих военных прокуроров, но организационно их деятельность по указанным направлениям координируется отделом надзора (за исполнением законодательства о противодействии коррупции) Главной военной прокуратуры.
В соответствии с приказами Генерального прокурора Российской Федерации от 02.10.2007 № 154 «Об утверждении Инструкции о порядке формирования подразделений по надзору за исполнением законодательства о противодействии коррупции и привлечения их работников к дисциплинарной ответственности» и заместителя Г енерального прокурора Российской Федерации - Главного военного прокурора от 10.12.2007 № 273 «О создании специальной комиссии по отбору кандидатов на должности прокурорских работников, лиц гражданского персонала в отдел надзора (за исполнением законодательства о противодействии коррупции) Главной военной прокуратуры и в рабочие группы, образуемые в военных прокуратурах окружного звена» для повышения гарантий независимости при выполнении возложенных обязанностей и предупреждения фактов неправомерного служебного поведения работников специализированных подразделений установлена особая процедура их назначения на должность и освобождения от должности. Назначение на должности проводится только после тщательного изучения личности кандидата, который должен обладать безупречным послужным списком и соответствующей репутацией. Отбор кандидатур как в структурные подразделения военных прокуратур округов (флотов), так и в отдел надзора Главной военной прокуратуры происходит на специальной комиссии. Состав комиссии в Главной военной прокуратуре утвержден указанным выше приказом Главного военного прокурора от 10.12.2007 № 273, возглавляет её первый заместитель Главного военного прокурора.
Все отобранные прокурорские работники, как в военных прокуратурах округов (флотов), так и в Главной военной прокуратуре назначаются на должность приказом Главного военного прокурора.